Fyysiset ETF:t omistavat kohde-etuutensa (esimerkiksi osakkeet, joukkolainat) ja jakavat omistuksen rahasto-osuuksiksi. Osuudenomistajilla on oikeus saada osuus voitoista, kuten kertyneestä korosta tai osinkotuotoista. Koska ETF:illä käydään kauppaa pörssissä, osuuksia voi ostaa ja myydä helposti aivan kuten osakkeillakin.
Pystyäkseen seuraamaan indeksiä mahdollisimman tarkasti, ETF:n liikkeeseenlaskija myy ja ostaa osakkeita jatkuvasti, joka aiheuttaa rahastolle kaupankäyntikustannuksia. ETF:n hallinnointipalkkioita ja kaupankäyntikustannuksia pidetään suurimpana eron aiheuttajana kohde-etuuden ja ETF:n välillä (ns. tracking error).
Kustannusten lisäksi kannattaa sijoittajan tarkastella eri ETF:ien historiallista tracking erroria, sillä mikäli halvin ETF ei seuraa kohde-etuuttaan kovin hyvin, saattavat pienemmän tracking errorin omaavat, mutta hieman kalliimmat ETF:t päästä parempiin tuottoihin kulujen jälkeen. Sijoittajan tulee myös miettiä, haluaako hän osinkoa ulos maksavan vai kertyvätuottoisen ETF:n. Mikäli sijoittaja haluaa kassavirtaa, valitsee hän osinkoa ulos maksavan ETF:n. Korkoa korolle -vaikutuksesta sijoittaja pääsee nauttimaan kertyvätuottoisessa versiossa.